Ze všech reforem Josefa II. patří mezi nejkontroverznější rušení klášterů, které patřily po staletí k pilířům středoevropského kulturního prostoru. Likvidací jejich knihoven, které často představovaly unikátní celky značné historické i vědecké hodnoty, bylo slovy Josefa Truhláře „promrháno znamenité jmění národní a způsobena zemi škoda nenahraditelná“. I když byla zásluhou Karla Rafaela Ungara, který stál v čele tehdejší c. k. Universitní knihovny v Praze, pověřené převzetím knih a písemností zrušených klášterů, zachráněna řada cenností, byla většina knih prodána v aukcích nebo obchodníkům jako makulatura. První vlna rušení klášterů byla zahájena po vydání dvorského dekretu z 12. ledna 1782, ve kterém bylo pamatováno i na knihy a archiválie rušených institucí. Dalším dvorským dekretům a guberniálním výnosům, které bezprostředně ovlivnily úřední postup při rušení klášterních knihoven, bude věnována první část příspěvku. Ve druhé části se pozornost soustředí na zmapování průběhu likvidace několika konkrétních knihoven, předaných v roce 1782 do pražské universitní knihovny (klarisky Český Krumlov, premonstrátky Doksany a Chotěšov, kartuziáni Valdice a benediktinky u sv. Jiří), s cílem určit na základě dochovaných archivních pramenů alespoň přibližný rozsah ztrát.